Berserk racconta la storia di Gatsu detto il “guerriero nero”. Gatsu nasce dal corpo di una donna morta, impiccata ad un albero a seguito di una razzia, cadendo a terra ai piedi dello stesso albero («emise il suo primo vagito in un misto di fango e liquido amniotico»). Quando una compagnia di mercenari passa di lì decide di evitarlo, ritenendolo un presagio di sventura, ma Sys, la donna del capitano di ventura Gambino, che aveva appena perso il suo vero figlio, lo prende con sé.
Gatsu viene così allevato in una compagnia mercenaria, dove viene iniziato dallo stesso Gambino al combattimento e alla guerra fin dalla tenera età, affinando la sua tecnica ed allenandosi sempre con armi troppo grandi per lui. Ma ben presto Gatsu deve soffrire nuovamente la perdita della madre dopo la morte di Sys per peste; Gambino, addolorato dalla perdita della compagna, sviluppa un crescente odio per Gatsu, al quale imputa la morte, e arriva a tentare di ucciderlo nel sonno. Gatsu però si accorge di essere attaccato e riesce difendersi, ma quando Gambino si getta su di lui per dargli il colpo di grazia, senza volerlo, lo trafigge al collo, uccidendolo. I compagni del campo, credendo che sia stato Gatsu ad assalire Gambino, lo inseguono per ucciderlo ma nella fuga, colpito da una freccia, cade in uno strapiombo ed i mercenari lo credono morto.
Gatsu invece sopravvive e viene ancora una volta salvato da una squadra mercenaria di passaggio alla quale si unisce per sopravvivere; nei quattro anni successivi continuerà a combattere e ad uccidere nemici nelle guerre che dividono il paese, affinando sempre di più le sue abilità.
La sua vita cambierà con l’incontro di Grifis e della sua Squadra dei Falchi. Grifis è un individuo particolare; dotato di eccezionali capacità di combattimento e di comando, guida un gruppo di alcune centinaia di uomini, la Squadra dei Falchi, nella quale gode di assoluta fiducia e fedeltà. Il suo sogno è quello di riuscire a conquistare un giorno un regno e chiunque lo incontri non può fare a meno di rimanerne affascinato e di seguirlo, anche nella speranza che aiutandolo un giorno anche i propri sogni possano realizzarsi.
Alcuni mercenari della Squadra dei Falchi decidono di attaccare Gatsu per derubarlo, ma questi riesce senza alcuna difficoltà a batterli. Interviene allora Grifis che grazie alle proprie abilità di combattimento riesce a ferirlo gravemente e a farlo svenire. Due giorni dopo, al suo risveglio, Gatsu sfida nuovamente Grifis mettendo in palio la propria libertà ma, sconfitto, cede alla volontà di Grifis ed entra a far parte della Squadra dei Falchi. Fa quindi la conoscenza dei membri più importanti della squadra: Caska, Judo, Pipin, Kolcas e Rickert.
La Squadra dei Falchi viene quindi arruolata dal regno di Midland nella Guerra dei cent’anni contro il vicino regno di Tuder; di vittoria in vittoria inizia ad acquistare potenza ed influenza, oltre che la fama di invincibile. Grifis viene anche fatto nobile, e comincia a mettere gli occhi su Charlotte, la principessa di Midland; sposare lei sarebbe il modo più veloce per diventare un re. Alla fine la Squadra dei Falchi riesce a riconquistare la fortezza di Dordrey, situata al confine tra il regno di Midland ed il regno di Tuder, e a mettere fine alla guerra; Gatsu allora realizza di non volere più rimanere imprigionato nella mediocrità dei suoi compagni e all’ombra di Grifis e lascia la squadra in cerca della propria identità. Grifis è sconvolto per l’abbandono di Gatsu tanto da rovinarsi da solo: volendo accelerare i tempi va a trovare la principessa Charlotte e fa l’amore con lei. Viene però scoperto, ed il re, che ama di un amore incestuoso la figlia, infuriato lo fa imprigionare. Le torture subite per un anno intero gli costano i tendini e la lingua. Nel frattempo la Squadra viene radunata con l’inganno per essere sterminata, ma grazie alla guida di Caska, luogotenente di Grifis, una parte di loro si salva.
Gatsu, lontano ed all’oscuro di tutto questo, viaggia per un anno, cercando avversari sempre più forti da sfidare. Alla fine di quest’anno scopre che una banda di guerrieri prezzolati sta dando la caccia ad una squadra di banditi che capisce essere la Squadra dei Falchi, ed appena tornato dai suoi amici apprende la notizia dello sbando della squadra e della prigionia di Grifis. Con il suo aiuto riescono a liberarlo dalle prigioni del re di Midland.
Grifis però capisce che il suo sogno è finito per sempre e, preso dalla disperazione, tenta il suicidio. Tuttavia, tramite il Bejelit riesce accidentalmente ad evocare la Mano di Dio durante un’eclissi e, poiché quello che possiede è il Bejelit rosso, essi gli propongono di risorgere come loro quinto membro, ottenendo poteri divini in cambio del sacrificio delle cose a cui tiene di più, cioè la Squadra dei Falchi. Grifis acconsente, e rinasce come Phemt, le Ali delle Tenebre.
Comincia così il massacro della Squadra dei Falchi: mostri e spiriti, evocati dalle tenebre, accorrono all’eclisse ed iniziano a cibarsi dei corpi dei membri della squadra dopo averli orribilmente dilaniati; solo Gatsu, Caska e Rickert (che non era presente al sacrificio), grazie al misterioso Cavaliere del teschio, riescono a sfuggire all’eclissi ed alla carneficina. Gatsu però nella lotta ha perso il braccio e un occhio, mentre Caska perde la ragione a causa della violenza sessuale subita dal neo arcidemone Phemt. L’embrione che cresceva dentro Caska, frutto della sua unione con Gatsu, viene maledetto a causa del “prematuro contatto con il male” e si trasforma in un essere deforme.
Comincia così, dopo questo lungo flashback, la narrazione della storia di Gatsu, della sua vendetta contro Phemt e la Mano di Dio, accompagnato dall’inseparabile Ammazzadraghi, la sua spada gigantesca. Nella sua furia Gatsu darà la caccia agli Apostoli, esseri che come Grifis hanno sacrificato una parte della loro vita in cambio di un’esistenza sovrumana, ed incontrerà personaggi come Pak, Farnese, Serpico, Isidoro e Shilke, in viaggio alla ricerca del compimento di una vendetta che appare impossibile per un semplice uomo.
Proprio per questo, nel prosieguo del manga Gatsu entrerà in possesso di un artefatto dei nani custodito dalla strega Flora, maestra di Shilke, l’armatura del Berserk che consentirà sì a Gatsu di superare i limiti propri della sua natura di essere umano, ma a prezzo di sacrificare tutto sé stesso. Ne sa qualcosa il Cavaliere del teschio, l’antico possessore dell’armatura. Nonostante tutto, sia Gatsu sia Shilke credono di poter controllare il grande potere dell’armatura così che il destino di Gatsu possa essere diverso da quello del Cavaliere del teschio.
Durante il loro soggiorno nella dimora di Flora, Gatsu e i suoi compagni vengono attaccati dagli apostoli di Grifis. Gatsu utilizza per la prima volta l’armatura del Berserk contro uno degli apostoli maggiori, Gurnbeld. Dopo una lunga battaglia, che vede anche la morte di Flora, Gatsu e gli altri riescono a fuggire. Prima però Gatsu, che aveva perso il controllo per via dell’armatura, viene aiutato dalla magia di Shilke per tornare in sé.
Lo scontro finale tra Grifis e l’imperatore Ganishuka porta alla trasformazione del mondo e al sovrapporsi della dimensione astrale e reale. Con il fidanzamento con la principessa Charlotte e la benedizione del papa e del popolo, che ritengono Grifis l’incarnazione del Falco di Luce salvatore del mondo, Grifis prende possesso della sua nuova capitale Falconia, e la trasforma in un regno utopico al riparo dai mostri che hanno incominciato a invadere il mondo.
